Selçuk Bayraktar 1997 yılında Robert Kolej’den mezun oldu. 1997-2002 yılları arasında İTÜ Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği bölümünde lisans eğitimine devam etti. Üniversite eğitimi esnasında University of Pennsylvania’nın GRASP laboratuvarından staj kabulü aldı. Staj kapsamında almış olduğu burs teklifiyle, yüksek lisans eğitimini 2002-2004 arasında Upenn’de sürdürdü. Aynı zamanda ödüllü akademisyen Prof. Dr. George Pappas’ın yardımcısı olarak araştırma asistanlığı görevini sürdürdü. Selçuk Bayraktar araştırmaları kapsamında dünyada ilk kez İHA’ların formasyon uçuşu deneyleri, hava-yer robot takımlarının koordinasyonu, uçuş kontrol ve güdüm sistemleri konularında bilimsel yayınlara konu olan çalışmalar gerçekleştirmiştir. Yüksek lisans eğitimini tamamladıktan sonra Selçuk Bayraktar MIT (Massachusetts Institute of Technology)’de burslu olarak doktora teklifi almıştır. Doktora eğitimi sürecinde İnsansız Helikopter Sistemlerine agresif manevra yapma kabiliyeti kazandıracak otomatik uçuş kontrol algoritmaları alanında çalışmalar yürütmüştür. Danışman hocasının Georgia Institute of Technology’ye (Georgia Tech) transfer olmasıyla MIT’den de ikinci yüksek lisans diplomasını alarak, doktora çalışmalarına Georgia Tech’de devam etmiştir.

Selçuk Bayraktar 2007 yılından bu yana Baykar Makina bünyesinde teknik müdürlük (CTO) görevini yürütmektedir.

Baykar bünyesinde Milli ve Özgün olarak geliştirilen İnsansız Hava Aracı Sistemleri’nin aviyonik sistem mimarisi, uçuş kontrol, seyrüsefer algoritmalarının geliştirilmesi, sistem kinematiği ve dinamikleri, elektronik donanım ve gömülü yazılım geliştirme vb. konularda çalışmaktadır.